ネクラだから、コミュニケーションを取らないからという理由で差別されることはあっても、オタクだからという理由で差別されるということはあるんでしょうか？
陽気で、明るくて、社交的な人が、オタクだからと言う理由で差別されるという例をあまり聞いたことがありません。
ネクラで、引きこもりで、非社会的な人が、差別されるのはオタクだからという理由ではなく、明らかに前者が理由なのは明白。
オタクがオタク（自分）を指して、オタクだから差別されるといってるのは、そういうオタクに良くありがちな性格をしているから、差別されやすいよねというのを、意図的に略して言ってるだけで、オタクだから差別されると本気で言っている人はいないと思ってるのですが・・・それであってますかねぇ？どうなんでしょ？
宮崎某の事件後はある程度はあったみたいですよ。
僕も相手にオタクだと知られた際に、
それまでの友好関係が一方的に崩されたことを経験しました。
あとで聞いた話によると「親から付き合うなと言われた」とのことです。
まぁ、↑は幼少の頃の話です。
他には、入学後に仲良くなったばかりの人などに
ある程度月日へ経てから、オタクだと言ったら
それ以降急速に疎遠になるなどということもありました。
性格については知りませんが、少なくともある程度築いた
友好関係をいきなりぶち壊すほどのぶりっ子でも破綻者でもないとは思います。
ただ、差別という言葉は大げさだと僕は思います。
人種差別や女性差別に比べれば大したことでもないな、と。
本人のコミュニケーション不足とかネクラなどもそうですが、ほかに、自分より下であるものを作って優越感や攻撃をしたい性格の人間（相手）が関係するのだと思います。
アニメやニコニコ動画やネットゲーム（オフ会参加したり）をやっていて「俺はオタクではない」って言ってる友人を見て感じました。
昔……という言い方も変ですが
オタク＝特殊な知識のある人間
から
オタク＝特殊な心のよりどころをもった人間
に変わってきたのではないかなと感じでいます。
やはり宮崎事件をきっかけに広く知れ渡るようになったと記憶してます。
実際、事件以前には聞いたことがありませんでした。
当時一介の学生だった自分の周囲では
陽気で、明るくて、社交的な人は、オタクとは呼ばれませんでしたし
自分から名乗ったりするケースも知りません。
どちらかといえばおとなしかったり、攻撃的ではない人が
あの事件以後、生贄のように選ばれてそう呼ばれていました。
オタクに“させられて”しまう。
漫画を全巻そろえてるような人やゲームをやりこむような人が選ばれるわけじゃなく、
クラスでも立場が弱そうな人が選ばれてました。
あるいは「ネクラ」の代用のつもりで使われていたのかもしれません（あくまで使う側の気分として）。
ＴＶのバラエティ番組でオタクを弄る物があり、
そのゴッコ遊びをしたいがために選抜されていたのかもしれません。
たけくまメモにある「アニメファン差別」と「宮崎事件以後のオタク差別」は
分けて考えるべきかと思います。
「何を考えてるかわからない」を前者とするなら
「ああいう犯罪をやりかねない」というのが後者。
対象が同じでも、それら言葉を用いる際の世間の捉え方が決定的に変わっています。
しかも、ただの感想だったものが、根拠の飛躍した言いがかりを含む物に変化している。
あれは冤罪の罪状のようなものだったなぁと、思います。